Seit der Jahrtausendwende war die Zihlebene waldfrei und begehrtes Weideland. Die Zihl floss in langsamen Windungen durch die Ebene und bildete kurz vor der Mündung in den Bielersee eine Insel, die „Insula Sancti Joannis“, Insel des heiligen Johannes. Diese dicht mit Schilf bestandene Insel wählten die Herren von Fenis, die Vorfahren der Grafen von Neuenburg, als Standort für ihr Hauskloster. Cuno von Fenis, Bischof von Lausanne, gründete das Benediktinerkloster gegen Ende des 11. Jahrhunderts.
Die Stifterfamilie bedachte das Kloster mit reichen Schenkungen, die den Grund zu weiterer Prosperität legten. Die Abtei war lange die begütertste zwischen Seeland und Rhein: ihre Besitzungen, Zehnten und Rechte lagen nicht nur im Seeland, in der Grafschaft Neuenburg und im Bistum Basel, sondern auch im Solothurnischen, Aargauischen und Luzernischen. Die Abtei war auch geistig-kirchlich von grosser Bedeutung. Die Bischöfe von Lausanne unterstützten die Äbte des Erlacher Konventes in ihren Unternehmungen, und sogar Päpste bestätigten seit dem späten 12. Jahrhunderts immer wieder den Besitz des Klosters. Der Rang des Klosters zeigt sich in einer päpstlichen Bulle, die belegt, dass seit Egilulf, dem 2. Abt von St. Johannsen (1130-1160) das Recht zukam, pontifikale Würdezeichen zu führen. Dieses Recht wurde nur sehr bedeutenden Abteien verliehen wie etwa Canterbury, Cluny, Monte Cassino oder der Reichenau.
Als sich im 14. Jahrhundert die Auseinandersetzungen zwischen Bern und Neuenburger zuspitzen, wird das Kloster wiederholt in Mitleidenschaft gezogen. 1324 belagerte Bern zweimal Le Landeron, ein halbes Jahrhundert später dringen englische und französische Söldner ins Land ein und verwüsteten Gottstatt, Fontaine-André und Ins, wobei sicherlich auch Erlach und St. Johannsen beschädigt wurden.
1388 eroberte Bern nach einer Belagerung die Stadt Nidau. Die Stadt betrachtete sich als Nachfolgerin der Herren von Nidau und beharrte darauf, ihren Anteil an der Schirmherrschaft über das Kloster auszuüben. 1413 anerkennt die Abtei schliesslich Bern als Schirmherrin.
Trotz ungünstiger Zukunftsaussichten, einer einengenden Schirmherrschaft, rückläufigen Spenden und zahlreichen Pestopfern wagte sich die Abtei im späten 14. Jahrhundert an einen völligen Neubau von Kirche und Konventsbauten. Die Erneuerung wurde notwendig, weil sich im moorigen Grund die Bauten um gut einen Meter gesenkt hatten und die Überschwemmungen immer bedrohlicher wurden. Nach und nach wurden die alten Mauern abgerissen und durch neue Gebäude ersetzt. Die Kirche erhielt eine stattliche Grösse, obwohl statt 30 bis 60 Mönche nunmehr 8 bis 12 im Kloster lebten. Nur der Kreuzgang wurde leicht verkleinert, Wehrbauten sicherten das Kloster.