Im Jahr 1806 war ein persönliches Reitpferd für den Landjägerchef vermutlich das erste offizielle Fortbewegungsmittel. Fuhrwerke und Karren durften von den Landjägern für ihre Patrouillengänge sowie für die beschwerlichen Gefangenentransporte genutzt werden.
Es sollte jedoch noch viele Jahrzehnte dauern, bis die Polizei über eigene Motorfahrzeuge verfügte.
Bis 1970 wurden viele Gefangene zu Fuss vom Bezirksgefängnis Bern in die Bewachungsstation am Inselspital geführt, wobei ein Fahrzeug für Transporte zur Verfügung stand.
Im Jahr 1975 wurde die Transportstation mit vier Mitarbeitenden im Garagenbetrieb der Polizei gegründet. Die meisten Transporte wurden damals in einem Sicherheitsabteil mit der Bahn durchgeführt. Zunächst begleiteten die Landjäger die Insassen zu Fuß zum Zug und zurück. Später verfügte die Transportstation über ein Büro im Bahnhofgebäude, ausgestattet mit drei Wartezellen und einem Elektromobil.
Mit der Umstellung auf zivile Mitarbeitende wurde die Polizei zunehmend aus dem Transportwesen zurückgezogen. Aufgrund des steigenden Bedarfs an Transporten wurden die Ressourcen erweitert. Der Transportdienst bestand nun aus einer Leitung, einer Stellvertretung und acht Fahrern.
Nach der Abtrennung von der Polizei im Jahr 1998, wurde der gesamte Gefängnisbereich des Amtes für Justizvollzug der damaligen Direktion Gefängnisse des Kantons Bern unterstellt. Der Transportdienst war nun im Regionalgefängnis Bern angesiedelt.
Mit der kontinuierlich steigenden Zahl an Transportaufträgen zu Gefängnissen, Anstalten, Gerichten und in andere Kantone erhielt der Transportdienst im Juni 2006 einen eigenen Standort auf dem Zeughausareal in Bern.
Die Einführung einer Haftartenabtrennung in den Regionalgefängnissen des Kantons Bern führte 2018 zur Gründung der Haftleitstelle im Regionalgefängnis Bern.
Die Weiterentwicklung der Haftleitstelle in Richtung einer umfassenden Haftplatzkoordination und die logistische Nähe zum Transportdienst führten am 1. März 2022 zur Fusion beider Bereiche zum Geschäftsbereich Transport und Haftplatzkoordination Bern.
Ab dem 1. Januar 2026 wurde der Transportdienst wieder von der Haftleitstelle getrennt. Der Transportdienst ist nun der Kantonspolizei Bern unterstellt, während die Haftleitstelle in die Gerechtigkeitsgasse 36 in Bern umzog und dem Stab des Amtes für Justizvollzug zugeordnet wurde. Der Grund für die Trennung liegt in sicherheitsrelevanten Aspekten sowie rechtlichen Zuständigkeitsfragen.
